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La sala que abre la exposición presenta una cuidadosa selección de libros y objetos que nos remiten a los orígenes de la institución universitaria. Por ejemplo, el acta fundacional de la Real Universidad, que data de 1551, actualmente en custodia del Archivo General de la Nación; los manuscritos más antiguos que conserva la Biblioteca Nacional; algunos de los primeros impresos mexicanos asociados con la vida universitaria, así como un manuscrito procedente de la Universidad de Salamanca.

La Universidad es una institución de origen europeo y medieval. Nació como un movimiento gremial de escolares que se asociaron para obtener derechos y organizar mejor la enseñanza de ciertos conocimientos. Hubo dos grandes modelos: el parisino, donde se agremiaron los profesores, y el italiano, que consistía en asociaciones de estudiantes.

En la sala que continúa se recrea el estudio-biblioteca de un catedrático de la Real Universidad de México durante el virreinato. Estos espacios dedicados a la investigación también reunían objetos relacionados con el coleccionismo y la curiosidad científica. Las piezas prehispánicas, los carapachos de tortuga, los papeles sueltos y los libros, conforman un auténtico gabinete privado, un pequeño museo alimentado con cosas útiles para la labor docente que, con el tiempo, pasarían a ser patrimonio universitario y nacional.
Otra de las salas evoca los gabinetes de Mineralogía y Paleontología. Repletos de objetos dispuestos de manera ordenada, los gabinetes de antaño daban cuenta del progreso alcanzado hasta entonces. Con frecuencia un telón a modo de puerta daba acceso a originales vitrinas de madera cuyos ejemplares se clasificaban y exhibían según las teorías del momento.
El propósito de la recreación de la siguiente sala es simular la atmósfera y el encanto de los populares gabinetes de Historia Natural de otras épocas. Para mostrar uno de estos gabinetes, se rescataron antiguos armarios verticales y vitrinas empleados en anteriores depósitos; auténticos insectarios; delicadas medusas en vidrio; modelos de frutas en cera y yeso, así como documentos y dibujos de expediciones botánicas. La disposición de piezas repetía viejas prácticas y creencias, como la de colocar una piel de cocodrilo en lo alto o en el techo. Esta costumbre medieval se sustentaba en la idea de que el lagarto era un monstruo que lograba ahuyentar al mismísimo demonio.
   
El monumental espacio que albergó la capilla del Colegio jesuita de San Ildefonso se ha transformado para la exposición en una galería de pintura de la antigua Academia de San Carlos. A lo largo de esta sala se recrean los muros literalmente "tapizados" con óleos que colgaban en la parte más alta, ligeramente inclinados para una supuesta mejor contemplación del visitante. Las obras de formato más reducido no necesariamente eran colocadas en la sección inferior; tampoco se agregaban cédulas de identificación al lado de cada pieza, como se hace en la actualidad. Además de una selección de obras pictóricas, se exhiben esculturas, medallas, grabados, troqueles, improntas y dibujos cuya disposición museográfica se inspiró en la que conservó la Academia en los siglos XVIII y XIX.

La última sala de la planta baja aborda la época en la que el conocimiento, en cuanto a extensión y límites, era muy importante para descubrir y poblar el territorio de la Nueva España. Aquí las colecciones cartográficas son las protagonistas.
Más adelante, la enseñanza universitaria de la ciencia médica está representada con varias publicaciones que dan cuenta de las aportaciones en este campo. Se exhibe una colección de modelos en cera, estudios anatómicos e instrumentos médicos y se recrea la Farmacia Esesarte, establecida en la ciudad de Oaxaca hacia la segunda mitad del siglo XIX.
En la última sala se aborda el proceso de transformación de la educación, que dio lugar a la fundación de las Escuelas Nacionales. Para el presidente Juárez y sus colaboradores el medio para lograr la paz y alcanzar el progreso era la educación. En 1867 se inicia el proyecto positivista, que, identificado con las ideas de Augusto Comte, puso en práctica Gabino Barreda, con el fin de establecer una educación que sirviera de base social al nuevo orden.
En esta etapa, San Ildefonso fue sede de la Escuela Nacional Preparatoria y eje del programa reformista. El 22 de septiembre de 1910, en el Anfiteatro de la Escuela Nacional Preparatoria (hoy Colegio de San Ildefonso), tuvo lugar la inauguración de la Universidad. En esa solemne ceremonia, Justo Sierra señaló la diferencia fundamental entre la institución colonial y la de reciente creación:

Los fundadores de la Universidad de antaño decían: "la verdad está definida, enseñadla"; nosotros decimos a los universitarios de hoy: "la verdad se va definiendo, buscadla".

La proyección de un video, que aborda la Universidad del siglo XX, y un espacio lúdico concluyen la exposición.

La muestra se acompaña también de un catálogo que incluye veinte ensayos de destacados universitarios y, como es tradición en San Ildefonso, se ha organizado un nutrido programa de actividades pedagógicas.